Jozef Hupperetz heeft een lange staat van dienst op het gebied van douanezaken. Hij begon zijn carrière als junior inspecteur bij de Nederlandse Douane in 1980 in de haven van Rotterdam. Hij werkte meer dan 16 jaar bij de Nederlandse Douane in senior adviserende functies binnen de operationele douanedienst en drie jaar bij het Ministerie van Financiën als beleidsadviseur bij het Directoraat Douanewetgeving en -beleid. In 1999 ging hij aan de slag bij de Europese Commissie als beleidsadviseur, verantwoordelijk voor diverse dossiers.
In juli 2017 werd hij aangesteld als adviseur voor douane- en indirecte belastingaangelegenheden binnen de Task Force voor de voorbereiding en uitvoering van de onderhandelingen met het Verenigd Koninkrijk onder Artikel 50 van het VEU. Als Senior Expert zette hij de onderhandelingen voort en coördineerde hij de implementatie van het Protocol inzake Ierland en Noord-Ierland, en uiteindelijk het Windsor Framework. Sinds 1 januari 2024 is hij met pensioen gegaan bij het directoraat-generaal Belastingen en Douane-unie van de Europese Commissie.